Ca și criterii de eligibilitate pentru IMM-urile care vor să aplice în cadrul European Data Incubator se numără cel privind dimensiunea echipei – să aibă mai puțin de 250 de angajați (pe an) și cel privind veniturile anuale – sub sau cel mult egale cu 50 de milioane de euro.
În cazul în care aplicanții nu au o entitate juridică, se pot înscrie cel mult 4 persoane care au rezidența într-o țară parte din Uniunea Europeană.
Potrivit organizatorilor programului, aplicanții au 3 opțiuni: să aleagă una dintre ”provocările” prestabilite și să vină cu un produs care rezolvă problema dată, să vină cu propria provocare pe care vor să o rezolve folosind resursele European Data Incubator și ale unui partener extern, sau să propună propria provocare și să o rezolve folosind propriile resurse.